La structure de la fédération est décrite par l’organigramme fonctionnel suivant qui présente les 5 plateformes de caractérisation des matériaux de FCMat : microscopie électronique en transmission et à balayage (MET-MEB), RMN solide et liquide, diffraction et diffusion des RX (DRX-SAXS), spectrométrie de photoélectrons (XPS) et relaxométrie RMN.  La bonne marche des plateformes repose sur l’investissement des personnels qui sont rattachés à la fédération : 1 TCN SU, 2 IE CNRS, 1 IE SU, 2 IR SU pour la gestion des plateformes RMN, DRX-SAXS, MET et MEB et 1 AI SU à mi-temps pour la gestion financière et administrative. A ces personnels se rajoutent des personnels affectés au laboratoire LRS pour la gestion de la microscopie électronique (1 IE CNRS) et de la spectroscopie de photoélectrons (1 IR et 1 IE CNRS) ainsi que des personnels du laboratoire PHENIX pour la gestion de la plateforme de Relaxométrie (1 Pr et 1 CR CNRS).

La fédération FCMat s’appuie en outre sur un conseil d’unité représentatif de l'ensemble des catégories de personnels qui  comprend 26 membres répartis en 3 collèges : un collège A (PR/DR) composé de 11 membres (incluant les DU de chaque unité y compris FCMat), un collège B (MCF/CR) composé de 8 membres et un collège ITA-IATOS composé de 7 membres (dont un membre nommé de FCMat).